UNIPAMPA está estructurada por un consejo superior, un consejo de administración, tres comisiones superiores y ocho comisiones específicas.
El Consejo Universitario (CONSUNI) es el órgano supremo, con atribuciones doctrinales, normativas, deliberativas y consultivas sobre la política general de la Universidad. Con representantes de la administración y las categorías componentes de la comunidad universitaria y la comunidad externa, este organismo aprecia y propone iniciativas para la normalización y el funcionamiento de la institución.
El Consejo Curador (CONCUR) es el órgano superior de control y supervisión de la gestión económica y financiera de la universidad, en cumplimiento de la legislación vigente. En este sentido, trabaja con la medición de todos los procesos que involucran el movimiento de activos y recursos financieros y la supervisión presupuestaria, siendo vital para diversos procedimientos de la vida institucional.
Las Comisiones Superiores son órganos consultivos, normativos y deliberativos, en las áreas específicas de sus respectivas competencias, encargados de la articulación de las actividades académicas finales: Comisión Superior de Enseñanza; Comité Superior de Investigación; y la Comisión Superior de Extensión.
Las comisiones específicas son las siguientes: Comité de Gestión de Horarios de Trabajo Flexibles (CGJF); Comité Interno de Supervisión (CIS) del Plan de Carrera de los Cargos Técnico-Administrativos en Educación (PCCTAE); Comité de Ética (COE); Comité Propio de Evaluación (CPA); Comisión Permanente de Investigaciones y Procedimientos Administrativos Disciplinarios (COPSPAD); Comisión Permanente de Evaluación de Documentos Confidenciales (CPADS) y Comisión Permanente de Personal Docente (CPPD).