Las Prorrectorías están vinculadas a la Rectoría:
Prorrectoría de Estudios de Pregrado (PROGRAD), responsable del seguimiento de la vida académica de los estudiantes, desde la admisión, pasando por los procesos de selección, pasando por la matrícula académica, hasta graduarse. Cuenta con la Coordinación de Planificación, Desarrollo, Evaluación y Acreditación (CPDAA) y la Coordinación de Procesos Académicos (CPAcad).
Prorrectoría de Investigación, Estudios de Posgrado e Innovación (PROPPI), que tiene como objetivo fomentar, asesorar y organizar actividades de investigación, posgrado e innovación, buscando la inserción institucional en el escenario nacional e internacional. Reúne al Centro de Innovación Tecnológica (NIT) y a la Agencia de Innovación y Emprendimiento de Pampa (AGIPAMPA).
Prorrectoría de Extensión y Cultura (PROEXT), responsable de los proyectos y acciones de extensión en la universidad, buscando hacer efectivo el conocimiento académico a favor de la realidad en la que opera, fortaleciendo y dialogando con la comunidad.
Prorrectoría de Asuntos Estudiantiles y Comunitarios (PRAEC), que tiene como objetivo desarrollar programas, beneficios y acciones dirigidas a la asistencia estudiantil y el acceso a los derechos de ciudadanía.
Prorrectoría de Gestión de Personas (PROGEPE), que se ocupa de cuestiones relacionadas con la vida funcional del servidor, tales como control y registro de vacaciones, operacionalización de la nómina, control de frecuencia, progresión en el plan de carrera, incentivo a la calificación y procesos de ausencia, así como el área de salud y seguridad en el trabajo, con atención al bienestar físico, social y mental de los servidores, el ingreso a la institución, a través de exámenes públicos o procesos de selección simplificados, evaluación de la etapa de prueba, desempeño y capacitación.
Prorrectoría de Administración (PROAD), responsable de compras y contrataciones públicas, contabilidad y finanzas, tercerización, materiales y logística pública.
Prorrectoría de Planificación e Infraestructura (PROPLAN), que desarrolla acciones relacionadas con el presupuesto y la infraestructura institucional, construyendo políticas para el uso de recursos presupuestarios en financiamiento y capital, mejorando y monitoreando procesos internos, apuntando a la optimización de los recursos públicos.