La mitad sur de Rio Grande do Sul vivenció, a lo largo de la segunda mitad del siglo 20, indicadores socioeconómicos muy bajos. Los municipios de la región estaban marcados por el empobrecimiento social, con problemas como el saneamiento básico, la vivienda, el transporte, el acceso a la salud, la educación, el empleo y la generación de ingresos. Estos factores contribuyeron al éxodo rural y a la migración regional.
La región estuvo marcada por bajos Índices de Desarrollo Humano (IDH, PIB e IDEB). Una nueva universidad permitiría dar respuesta a las demandas locales y producir conocimiento que pudiera extrapolar las barreras de la regionalización, lanzándola cada vez más a otros territorios. Estos compromisos fueron premisas para la elección de los valores pilares de una nueva institución de educación superior, en la definición de su misión y su visión de futuro.
Con base en esta perspectiva, el 22 de noviembre de 2005, se formó un consorcio universitario responsable de la implementación de la nueva universidad, a través de la firma de un convenio de cooperación técnica entre el Ministerio de Educación, la Universidade Federal de Santa Maria (UFSM) y la Universidade Federal de Pelotas (UFPel).
Las instituciones miembros del consorcio fueron responsables de la creación de los primeros 30 (treinta) cursos de grado. La Ufsm pudo establecer campus en las ciudades de São Borja, Itaqui, Alegrete, Uruguaiana y São Gabriel y UFPel los campus de Jaguarão, Bagé, Dom Pedrito, Caçapava do Sul y Santana do Livramento.
El 11 de enero de 2008 se constituyó oficialmente la Fundación Universidade Federal do Pampa (UNIPAMPA) mediante la Ley N° 11.640. Desde su creación, la universidad ha sido dirigida a proporcionar acceso a la educación superior pública, gratuita, inclusiva y de calidad, especialmente para las comunidades locales.
UNIPAMPA nace con el compromiso de identificar los límites y posibilidades inherentes a su contexto de inserción. Se centra en el aporte y planificación de acciones para modificar la realidad local, considerando la preservación del bioma pampeano.
Este es el desempeño de la institución en las actividades de gestión, en los cursos ofrecidos, en la construcción y democratización del conocimiento, en la extensión, el desarrollo sostenible y las actividades de asistencia reflejan este compromiso. Los cursos ofrecidos son parte del esfuerzo de la Universidad para contribuir al desarrollo de la región.
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