O subprojeto Educação Física pretende promover o contato dos licenciandos com o contexto escolar, fomentando a aprendizagem da docência através da discussão e construção de conhecimentos e inovações para a melhoria da qualidade da Educação Física ofertada na educação básica.  A possibilidade de o aluno ter contato com a realidade escolar ao longo da graduação permite o desenvolvimento do pensamento crítico-reflexivo, tão relevante na docência, fortalecendo as perspectivas da Educação Física na escola.
Este contato com o ambiente escolar desde cedo oportuniza, além do conhecimento sobre o cotidiano escolar e dos desafios que o professor de Educação Física tem em suas rotinas pedagógicas, a construção de uma parceria entre a Universidade e a Escola, uma reflexão da própria área e a ligação com outras áreas de conhecimento. Nesta parceria, algumas das ações previstas ao longo do programa são: aperfeiçoamento e domínio da língua portuguesa, através da leitura reflexiva e produção textual, a realização de cursos e oficinas de formação, a produção e utilização de material didático, bem como a participação e apresentação de trabalhos em eventos.
Atualmente o subprojeto Educação Física é coordenado pelas professoras Marta Íris da Silveira e Mauren Bergmann e conta com a participação de 30 bolsistas alunos do curso de Educação Física que estão divididos em 5 escolas, desenvolvendo atividades da Educação Física no Ensino Fundamental e Médio, com a supervisão de 6 professores de Educação Física do ensino básico, também bolsistas do PIBID.