Clique para baixar o DockToppus.
Desenvolvido por Mustafa Dahleh e Marina Prigol (LAFTAMBIO), o DockToppus é um software desktop dedicado à execução e análise de docking molecular utilizando AutoDock Vina. A plataforma foi concebida como uma ferramenta prática para otimizar e padronizar a rotina de modelagem molecular, oferecendo um ambiente integrado para a configuração, execução e monitoramento de ensaios de docking.
O DockToppus permite selecionar arquivos de receptor e ligante em formato .pdbqt, configurar coordenadas de docking (centro e tamanho da caixa) e ajustar parâmetros de busca, como a exhaustiveness, garantindo maior precisão na predição de interações moleculares. Além disso, o software oferece suporte à execução do vina_split, possibilitando a separação das poses obtidas em arquivos individuais para análise posterior.
A interface gráfica, desenvolvida em Tkinter, organiza as etapas experimentais em módulos claros, com tooltips explicativos e log de execução em tempo real, permitindo acompanhamento detalhado de cada operação. O sistema ainda permite salvar logs completos em formato .docx e copiar automaticamente os arquivos de saída para pastas definidas pelo usuário, facilitando a documentação e rastreabilidade dos experimentos.
Ao centralizar diferentes funcionalidades de docking molecular em uma única plataforma, o Docktopus contribui para a padronização dos procedimentos de simulação, aumento da reprodutibilidade e otimização do fluxo de trabalho em estudos de modelagem molecular, química computacional e design de fármacos.
Ao utilizar o Docktopus em seus projetos, agradecemos a menção ao software no respectivo trabalho científico.