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Clique para baixar o ROSivita.

Desenvolvido por Mustafa Dahleh e Marina Prigol (LAFTAMBIO), o ROSivita é um software desktop voltado à análise bioquímica quantitativa, concebido como uma ferramenta prática para otimizar e padronizar a rotina laboratorial. A plataforma foi projetada para integrar, em um único ambiente, o processamento, organização e análise de dados experimentais oriundos de ensaios espectrofotométricos, permitindo maior agilidade na obtenção de resultados e redução de erros associados a cálculos manuais.

O sistema realiza a conversão direta de leituras de absorbância e fluorescência em parâmetros bioquímicos relevantes, utilizando modelos matemáticos amplamente descritos na literatura. Entre suas funcionalidades, destacam-se módulos para construção de curvas padrão e quantificação de proteínas pelo método de Bradford, incluindo o cálculo do fator de conversão médio (FCM), além da determinação de atividades enzimáticas como catalase (CAT), superóxido dismutase (SOD), glutationa S-transferase (GST), alanina aminotransferase (ALT), aspartato aminotransferase (AST), glutationa peroxidase (GPx) e glutationa redutase (GR). O software também contempla análises relacionadas ao estresse oxidativo, como a quantificação de espécies reativas e a determinação de substâncias reativas ao ácido tiobarbitúrico (TBARS), bem como a avaliação de marcadores bioquímicos clássicos, incluindo glicose (em abordagens endpoint e cinética), triglicerídeos e frações lipídicas, como colesterol total, HDL e LDL.

A interface gráfica, desenvolvida em ambiente PyQt6, é estruturada em módulos independentes que refletem a organização experimental dos ensaios, permitindo a inserção de múltiplas amostras com identificação individual, manipulação dinâmica dos dados e visualização clara dos resultados. O sistema também oferece suporte à geração de curvas padrão e gráficos, facilitando a interpretação dos dados, além de funcionalidades de salvamento automático, carregamento de projetos e exportação de relatórios em formatos amplamente utilizados, como PDF, Excel e documentos de texto.

Ao centralizar diferentes análises bioquímicas em uma única plataforma, o ROSivita contribui para a padronização dos procedimentos analíticos, aumento da reprodutibilidade experimental e otimização do fluxo de trabalho em laboratório, configurando-se como uma ferramenta robusta de apoio à pesquisa em bioquímica, farmacologia e áreas correlatas.

Ao utilizar o ROSivita como ferramenta de cálculo em seus estudos, agradecemos a menção ao software em seu respectivo trabalho.

Clique para baixar o DockToppus.

Desenvolvido por Mustafa Dahleh e Marina Prigol (LAFTAMBIO), o DockToppus é um software desktop dedicado à execução e análise de docking molecular utilizando AutoDock Vina. A plataforma foi concebida como uma ferramenta prática para otimizar e padronizar a rotina de modelagem molecular, oferecendo um ambiente integrado para a configuração, execução e monitoramento de ensaios de docking.

O DockToppus permite selecionar arquivos de receptor e ligante em formato .pdbqt, configurar coordenadas de docking (centro e tamanho da caixa) e ajustar parâmetros de busca, como a exhaustiveness, garantindo maior precisão na predição de interações moleculares. Além disso, o software oferece suporte à execução do vina_split, possibilitando a separação das poses obtidas em arquivos individuais para análise posterior.

A interface gráfica, desenvolvida em Tkinter, organiza as etapas experimentais em módulos claros, com tooltips explicativos e log de execução em tempo real, permitindo acompanhamento detalhado de cada operação. O sistema ainda permite salvar logs completos em formato .docx e copiar automaticamente os arquivos de saída para pastas definidas pelo usuário, facilitando a documentação e rastreabilidade dos experimentos.

Ao centralizar diferentes funcionalidades de docking molecular em uma única plataforma, o Docktopus contribui para a padronização dos procedimentos de simulação, aumento da reprodutibilidade e otimização do fluxo de trabalho em estudos de modelagem molecular, química computacional e design de fármacos.

Ao utilizar o Docktopus em seus projetos, agradecemos a menção ao software no respectivo trabalho científico.

 Me. Mustafa Munir Mustafa Dahleh

Currículo lattes

E-mail: mustafamunir25@gmail.com / mustafadahleh.aluno@unipampa.edu.br

Bacharel em Nutrição pela Universidade Federal do Pampa (UNIPAMPA, Itaqui/RS) (2023), mestre em Bioquímica (2024), e doutorando (2025-atual) no Programa de Pós-Graduação em Bioquímica (PPGBioq) pela Universidade Federal do Pampa, campus Uruguaiana/RS. Integrante do Laboratório de Avaliações Farmacológicas e Toxicológicas Aplicadas às Moléculas Bioativas (LAFTAMBio Pampa), campus Itaqui/RS. Possuo experiência no desenvolvimento de mecanismos para estudo de nutrição, exercício físico, metabolismo e toxicologia. Atualmente realizo pesquisas na área de compostos moduladores seletivos de receptores androgênicos (SARMs) em modelos vertebrados, buscando compreender seus efeitos primários e sua eficácia seletiva, bem como investigação dos efeitos de microplásticos em modelos invertebrados sob diferentes gerações. Concentro minhas habilidades em técnicas de biologia molecular, com ênfase em immunoblotting, além de proficiência em simulações de interações ligante-proteína por meio de abordagens computacionais, auxiliando na compreensão aprofundada das dinâmicas moleculares envolvidas. Possuo experiência no desenvolvimento de softwares aplicados à farmacologia e bioquímica, com proficiência em modelagem computacional e programação em Python. Sou autor e desenvolvedor dos softwares DockToppus, voltado à automação e à análise de dados em estudos computacionais, e ROSivita, destinado à realização de cálculos e ao processamento de dados aplicados à farmacologia e à bioquímica.

Profa. Dra. Marina Prigol

Currículo lattes

E-mail: marinaprigol@unipampa.edu.br / marinaprigol@gmail.com

Professora Associada da Universidade Federal do Pampa (UNIPAMPA), atua no ensino de Bioquímica na graduação e como docente permanente do Programa de Pós-Graduação em Bioquímica e do Programa de Pós-Graduação Multicêntrico em Ciências Fisiológicas. Atualmente, exerce também a função de Coordenadora de Pesquisa e Pós-Graduação na Pró-Reitoria de Pesquisa e Pós-Graduação da UNIPAMPA. Bolsista de Produtividade em Pesquisa do CNPq (PQ 1D) e com índice H 31 (Scopus), coordena o Laboratório de Avaliações Farmacológicas e Toxicológicas Aplicadas às Moléculas Bioativas (LAFTAMBio Pampa). Sua linha de pesquisa concentra-se em estudos farmacológicos e toxicológicos de moléculas bioativas, com ênfase na investigação de compostos com potencial terapêutico relacionados ao estresse oxidativo. Possui atuação consolidada em projetos de extensão e iniciativas de popularização da ciência, promovendo a inserção social do conhecimento científico em ambientes escolares. É membro da Sociedade Brasileira de Bioquímica e Biologia Molecular (SBBq) e integra o Comitê de Assessoramento da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Rio Grande do Sul (FAPERGS). Realizou estágio de pós-doutorado na área de Bioquímica Toxicológica pela Universidade Federal de Santa Maria (UFSM), onde também obteve os títulos de doutora e mestre em Bioquímica Toxicológica. Durante o doutorado, desenvolveu parte de suas atividades na Faculdade de Farmácia da Universidade de Lisboa (Portugal), com foco em farmacocinética e metabolismo de compostos de selênio. É graduada em Farmácia – Bioquímica Clínica pela Universidade Regional Integrada do Alto Uruguai e das Missões (URI – Erechim).