LINKS ORGANIZADOS POR USOS:

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

1. Bancos de Dados de Compostos Químicos e Fármacos

• ChEBI – Estruturas e informações químicas
• ChEMBL – Compostos bioativos e atividades em alvos
• DrugBank – Dados clínicos e estruturais de fármacos
• PubChem – Banco aberto de compostos químicos
• TCMSP – Compostos da medicina tradicional chinesa
• ChemProt – Interações químico-proteicas
• Stitch – Rede de interações químicos/proteínas (também em “Preditores de Toxicidade” e “Bioinformática Integrada”)
• Swiss Similarity – Busca de compostos análogos (também em “Modelagem Molecular e Docking”)
• SwissTargetPrediction – Predição de alvo de moléculas pequenas (também em “Modelagem Molecular e Docking”)
• Way2Drug – Previsão de atividades biológicas (também em “Preditores ADMET” e “Predição de Toxicidade”)
• DrugRep – Reposicionamento de fármacos (também em “Preditores ADMET”, “Modelagem Molecular” e “Toxicidade”)
• SuperPred – Reposicionamento e similaridade de alvos (também em “Modelagem Molecular e Docking”)
• SciFinder – Busca avançada de compostos/artigos
• Cortellis Drug Discovery Intelligence – Inteligência sobre desenvolvimento de fármacos
• Click2Drug – Portal agregador multifunção (também em “ADMET”, “Docking” e “Toxicologia”)
• OChem – Banco de compostos com ferramentas QSAR (também em “QSAR”)

 

2. Preditores de Propriedades Físico-Químicas, Farmacocinéticas e ADMET

• AdmetSAR
• SwissADME
• pkCSM Pharmacokinetics
• Molinspiration
• Osiris Property Explorer
• MolOpt
• BioTransformer 3.0 (também em “Toxicidade”)
• Deep-PK
• Way2Drug (também em “Bancos de Dados” e “Toxicidade”)
• DrugRep
• Click2Drug

 

      3. Docking, Modelagem Molecular e Triagem Virtual

• Autodock Vina
• Dock Blaster
• FTSite / FTMap / FTFlex / FTDyn – Locais de ligação e flexibilidade proteica
• PharmMapper
• HPEPDOCK
• PEPFold Tool
• ProteinPlus
• ColabFold / AlphaFold Protein / ITASSER / Swiss Model – Predição de estrutura proteica (também em “Estruturas de Proteínas”)
• Swiss Similarity (também em “Bancos de Dados”)
• SwissTargetPrediction
• SuperPred
• DrugRep
• Click2Drug
• Avogadro (também em “Visualização Estrutural”)
• MolView (também em “Visualização Estrutural”)
• QSAR TollBox (também em “QSAR”)

 

4. Bancos e Ferramentas de Estruturas de Proteínas

• Protein Data Bank (PDB)
• AlphaFold Protein / ColabFold / ITASSER / Swiss Model (também em “Docking/Modelagem”)
• Protein Imaging
• UniProt
• Swiss Institute of Biotechnology – SIB Tools
• Mechanism and Catalytic Site Atlas

 

5. Análise e Visualização Estrutural Molecular e Proteica

• PyMol
• Avogadro
• MolView
• Protein Imaging
• Swiss Institute of Biotechnology – SIB Tools
• RAW Graphs
• Click2Drug (também em “Bancos de Dados”, “Docking”, “Preditores ADMET”)

 

6. Genômica, Transcriptômica, Proteômica e Bioinformática Integrada

• Ensembl
• Genome Data Viewer (NCBI)
• UCSC Genome Browser
• GeneCards
• OMIM
• miRDB / miRWalk / Target Scan Human
• DisGeNet
• Comparative Toxicogenomics Database (CTD) (também em “Toxicidade”)
• Laboratório de Bioinfo da UFMG
• WebGestalt
• Bioladder
• Stitch – (também em “Bancos de Dados” e “Toxicidade”)
• Reactome
• MetaboAnalyst
• Virus Pathogen Research

 

7. Predição e Análise de Toxicidade

• Protox
• ToxCast
• ToxTree
• ToxinPred
• StopTox
• DIGEP-Pred
• GUSAR OnLine
• Way2Drug
• BioTransformer 3.0
• DrugRep
• Stitch
• Comparative Toxicogenomics Database (CTD)
• Click2Drug

 

8. Preditores imunológicos, epítopos e vacinas

• AlgPred
• IEDB Immunogenicity Tool
• NetCTL
• IFNEpitope

 

9. QSAR (Quantitative Structure–Activity Relationship)

• 3D-QSAR
• QSAR TollBox
• OChem

 

10. Outros Recursos Específicos

• CLC Pred – Citotoxicidade em linhagens celulares
• SOMP / ROSC-Pred / GUSAR OnLine – Propriedades específicas de toxicidade/citotoxicidade
• SEA Search Server – Busca de similaridade de alvos
• PRISMA Statement – Diretrizes para revisões sistemáticas
• RTPrimer DB / NIH Primer Designing Tool – Design e consulta de primers PCR
• Venny – Diagrama de interseção (Venn)
• Servers of Structural Bioinformatics – Agregador de servidores específicos

 

 

Nome	Link	Resumo	Exemplo de uso
3D-QSAR	https://www.3d-qsar.com/	Construção de modelos QSAR 3D relacionando estrutura à atividade biológica.	Analisar derivados químicos para prever atividade antitumoral 3D.
AdmetSAR	http://lmmd.ecust.edu.cn/admetsar3	Predição in silico das propriedades ADMET de moléculas.	Inserir SMILES para prever toxicidade e bioacessibilidade.
AlgPred	http://crdd.osdd.net/raghava/algpred/	Preditor do potencial alergênico de proteínas e peptídeos.	Testar se um peptídeo vacinal pode causar alergias.
AlphaFold Protein	https://alphafold.ebi.ac.uk/	Estruturas preditas de proteínas por IA.	Baixar estrutura 3D de proteína humana para modelagem.
antiSMASH Bacterial Version	https://antismash.secondarymetabolites.org/#!/start	Identificação de clusters biossintéticos em genomas bacterianos.	Mapear produtos naturais em genoma de bactéria isolada.
Autodock Vina	http://vina.scripps.edu/index.html	Software de docking molecular para simular interações proteína-ligante.	Simular ligação entre composto e proteína alvo.
Avogadro	https://avogadro.cc/	Editor molecular 3D para visualização e preparação de moléculas.	Construir modelo 3D para usar em docking.
BindindDB	https://www.bindingdb.org/	Busca por alvo e obtém todos os ligantes/bioatividades (Ki, IC50 etc.)	Busca por alvo e obtém todos os ligantes/bioatividades (Ki, IC50 etc.)
BioInfo Tools Van de Peer Labs	http://bioinformatics.psb.ugent.be/beg/software	Coleção de ferramentas de bioinformática para análise comparativa.	Alinhar genes de espécies diferentes.
Bioladder	https://www.bioladder.cn/web/#/pro/index	Análise e visualização de dados ômicos (transcriptoma, proteoma, etc).	Gerar gráficos de expressão gênica.
BioTransformer 3.0	https://biotransformer.ca/	Prediz metabólitos e caminhos de biotransformação de compostos.	Prever metabólitos gerados no fígado a partir de um fármaco.
ChEBI	https://www.ebi.ac.uk/chebi/init.do	Banco sobre entidades químicas com funções biológicas.	Buscar estrutura e propriedades de metabólito.
ChEMBL	https://www.ebi.ac.uk/chembl/	Banco de compostos bioativos e suas atividades em alvos.	Ver IC50 de compostos anti câncer.
ChemProt	http://potentia.cbs.dtu.dk/ChemProt/	Rede de interações químicos-proteínas para explorar polifarmacologia.	Descobrir targets alternativos de um fármaco.
ColabFold	https://colab.research.google.com/github/sokrypton/ColabFold/blob/main/AlphaFold2.ipynb	Predição de estruturas 3D de proteínas via notebook Colab.	Gerar modelo 3D de proteína a partir da sequência.
Cortellis Drug Discovery Intelligence	https://www.cortellis.com/drugdiscovery/home	O Cortellis Drug Discovery Intelligence é uma plataforma da Clarivate que integra e atualiza diariamente dados sobre compostos, patentes e biomarcadores para apoiar a pesquisa e o desenvolvimento de fármacos.	Um pesquisador pode usar o Cortellis Drug Discovery Intelligence para, a partir de um alvo molecular específico (por exemplo, um receptor envolvido em câncer), localizar rapidamente compostos já descritos com atividade sobre esse alvo, verificar seus dados de farmacocinética, resultados pré-clínicos e clínicos e famílias de patentes associadas, para selecionar os candidatos mais promissores para novos estudos.
CLC Pred	http://www.way2drug.com/Cell-line/index.php	Predição da citotoxicidade de compostos em linhagens celulares tumorais.	Ver eficácia de um composto em células cancerígenas.
Click2Drug	https://www.click2drug.org/	Agregador de ferramentas para triagem virtual, QSAR e propriedades ADMET.	Escolher ferramenta de docking em lista integrada.
ClusPRO 2.0	https://cluspro.org/signup.php	Docking Proteína – Proteína	Plataforma Clound para Docking Pt-Pt
Comparative Toxicogenomics Database (CTD)	http://ctdbase.org/	Integra dados sobre interações entre genes, químicos e doenças.	Buscar composto para ver genes/d doenças associadas.
Cortellis Drug Discovery Intelligence	https://access.cortellis.com/login?app=drugdiscovery	Base proprietária com dados sobre desenvolvimento e mercado farmacêutico.	Investigar pipeline de desenvolvimento de um fármaco.
Deep-PK	https://biosig.lab.uq.edu.au/deeppk/	Predição de parâmetros farmacocinéticos via IA.	Prever meia-vida e distribuição de uma molécula.
DIGEP-Pred	http://www.way2drug.com/GE/index.php	Prediz alteração de expressão gênica por compostos (SMILES).	Saber se composto ativa ou reprime genes específicos.
DisGeNet	https://disgenet.com/	Banco de associações gene-doença humanas.	Ver doenças associadas a um gene alvo.
Dock Blaster	http://blaster.docking.org/	Plataforma online para triagem virtual via docking automatizado.	Fazer triagem de composto em receptor.
DockThor-VS	https://dockthor.lncc.br/v2/	Docking/VS gratuito com bibliotecas curadas (inclui fármacos aprovados para reposicionamento); portal brasileiro.	Docking/VS gratuito com bibliotecas curadas (inclui fármacos aprovados para reposicionamento); portal brasileiro.
DrugBank	https://go.drugbank.com/	Banco abrangente de fármacos aprovados e dados clínicos.	Ver mecanismo e interações da aspirina.
DrugRep	http://cao.labshare.cn/drugrep/	Sistema de reposicionamento de fármacos via similaridade.	Sugerir novo uso terapêutico para molécula existente.
Ensembl	https://www.ensembl.org/index.html	Plataforma para visualização e anotação de genomas.	Navegar variantes e genes humanos.
FTDyn	https://ftdyn.bu.edu/	Análise da flexibilidade de sítios de ligação em proteínas.	Estudar variações estruturais em sítios ativos.
FTFlex	https://ftflex.bu.edu/	Simulação da flexibilidade local dos sítios de ligação proteicos.	Avaliar rigidez de regiões catalíticas.
FTMap	https://ftmap.bu.edu/	Identificação automática de hotspots de ligação em proteínas.	Mapear regiões com alta propensão ao acoplamento de ligantes.
FTSite	https://ftsite.bu.edu/	Predição de sítios de ligação em proteínas.	Sugerir locais para docking em uma nova enzima.
GeneCard	http://www.genecards.org/	Base abrangente sobre genes humanos.	Buscar variantes clínicas de um gene.
Genome Data Viewer (NCBI)	https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/gdv/	Visualizador genômico com ferramentas de anotação.	Navegar cromossomo humano em regiões de interesse.
GUSAR OnLine	http://www.way2drug.com/gusar/antitargets.html	Preditor de toxicidade e antialvos via modelos QSAR.	Saber toxicidade estimada de novo composto.
HaDDOCK	https://rascar.science.uu.nl/haddock2.4/	Docking Proteína – Proteína	Plataforma Clound para Docking Pt-Pt
HPEPDOCK	http://huanglab.phys.hust.edu.cn/hpepdock/	Docking flexível entre peptídeos e proteínas.	Modelar interação peptídeo-receptor.
IEDB Immunogenicity Tool	http://tools.iedb.org/immunogenicity/	Preditor de imunogenicidade de epítopos de células T.	Avaliar capacidade imunogênica de peptídeo vacinal.
IFNEpitope	https://webs.iiitd.edu.in/raghava/ifnepitope/developer.php	Predição de epítopos indutores de IFN-gama.	Ver se peptídeo estimula IFN-γ.
ITASSER	https://bio.tools/i-tasser	Predição de estrutura e função proteica por montagem de fragmentos.	Gerar modelo 3D de proteína a partir de sequência.
Laboratório de Bioinfo da UFMG	http://bioinfo.dcc.ufmg.br/#tools	Repositório brasileiro de scripts e pipelines bioinformáticos.	Usar pipeline para análise NGS de variantes.
Osiris Property Explorer	https://www.organic-chemistry.org/prog/peo/	Análise de propriedades toxicológicas de compostos (Firefox).	Avaliar alertas tóxicos baseados na estrutura.
PEPFold Tool	https://bioserv.rpbs.univ-paris-diderot.fr/services/PEP-FOLD3/	Modelagem 3D de peptídeos curtos.	Prever estrutura espacial de novo peptídeo.
PharmGKB	https://www.pharmgkb.org/	Base sobre farmacogenética/farmacogenômica clínica.	Consultar variantes de genes que afetam resposta à varfarina.
PharmMapper	http://www.lilab-ecust.cn/pharmmapper/	“Target fishing”: identifica potenciais alvos de uma molécula.	Encontrar alvos de proteína para composto novo.
pkCSM Pharmacokinetics	https://biosig.lab.uq.edu.au/pkcsm/prediction	Predição de propriedades PK (ADMET) de moléculas pequenas.	Ver absorção e toxicidade oral de candidato.
PRISMA Statement	http://www.prisma-statement.org/	Diretrizes para revisões sistemáticas e meta-análises.	Checar checklist para submissão de revisão.
Protein Data Bank	https://www.rcsb.org/	Banco mundial de estruturas 3D experimentais de macromoléculas.	Baixar estrutura cristalográfica para docking.
Protein Imaging	https://3dproteinimaging.com/	Visualização 3D interativa de proteínas.	Explorar a estrutura de alvo terapêutico visualmente.
Protein Plus	https://proteins.plus/	Criacao de Imagem 2D de Docking	Cria a visualizaçao do sitio de ligação a partir de um complexo do DM.
Protox	https://tox.charite.de/protox3/	Predição de toxicidade aguda, subcrônica e classes toxicológicas.	Estimar DL50 e risco toxicológico de molécula.
PubChem	https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/	Aberto: compostos químicos, bioensaios, propriedades.	Buscar estrutura de fármaco aprovado.
PyMol	https://pymol.org/2/	Software para análise e visualização 3D de moléculas.	Gerar imagens/animações de proteínas para publicação.
QSAR ToolBox	https://qsartoolbox.org/	Construção e aplicação de modelos QSAR para biotoxicidade.	Prever toxicidade ambiental de substâncias químicas.
RAW Graphs	https://rawgraphs.io/	Criação visual de gráficos interativos a partir de dados.	Montar gráficos de análise ômica.
Reactome	https://reactome.org/PathwayBrowser/	Banco de vias biológicas/metabólicas interativas.	Descobrir vias bioquímicas afetadas por fármaco.
RNAfold Web Server	http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi	Predição secundária de RNAs.	Prever alças de hairpin em oligonucleotídeos.
ROSC-Pred	http://www.way2drug.com/ROSC/index.php	Predição de propriedades antitumorais/citotóxicas de compostos.	Prever seletividade antitumoral de candidato.
RTPrimer DB	http://www.rtprimerdb.org/	Banco de primers validados para qPCR/RT-PCR.	Procurar primers para análise de expressão gênica.
SEA Search Server	https://sea.bkslab.org/	Busca targets potenciais por similaridade química.	Sugerir proteínas alvo inesperadas para ligand.
Servers of Structural Bioinformatics	http://bioinf-apache.charite.de/main/web_data.php	Índice de servidores para análise estrutural em bioinformática.	Encontrar ferramentas para prever epítopos.
SOMP	http://www.way2drug.com/SOMP/index.php	Prediz efeitos moleculares secundários/adversos.	Identificar possíveis efeitos colaterais não previstos.
SciFinder	https://scifinder-cas.ez96.periodicos.capes.gov.br/	Busca premium de literatura, síntese e patentes em química.	Buscar vias de síntese para nova entidade química.
SPPIDER	https://sppider.cchmc.org/	Busca Sítio de Ligação	Coloca uma proteína PDB e ele informa os resídios de aa importantes para a proteína.
Stitch	http://stitch.embl.de/	Banco de interações químico-biológicas.	Visualizar targets, efeitos e interações de antibiótico.
StopTox	https://stoptox.mml.unc.edu/	Triagem in silico para moléculas de baixo risco toxicológico.	Priorizar moléculas não-tóxicas para testes.
String	https://string-db.org/	Interação proteína-proteína predita e experimental.	Ver rede de interação de proteínas associadas à doença.
SuperPred	http://prediction.charite.de/index.php?site=home	Preditor de targets e classificações farmacológicas.	Buscar alvos secundários e riscos do composto.
Swiss Institute of Biotechnology – SIB Resources	https://www.sib.swiss/database-software-tools/sib-resources	Coletânea SIB de bancos e softwares bioinformáticos.	Utilizar ferramenta para alinhamento estrutural.
Swiss Model	https://swissmodel.expasy.org/	Modelagem 3D automatizada de proteínas por homologia.	Gerar modelo estrutural de proteína alvo.
Swiss ADME	http://www.swissadme.ch/	Preditor PK/ADMET e drug-likeness gratuito online.	Calcular solubilidade e biodisponibilidade.
Swiss Similarity	http://www.swisssimilarity.ch/	Busca de moléculas análogas baseadas em estrutura/SMILES.	Buscar compostos similares ao produto ativo.
Swiss Target Prediction	http://www.swisstargetprediction.ch/	Prediz possíveis targets de pequenas moléculas.	Sugerir proteínas-alvo para novo composto.
Target Scan Human	http://www.targetscan.org/vert_72/	Predição de alvos de microRNAs em genes humanos.	Identificar miRNAs reguladores de gene específico.
TCMSP Database and Analysis Platform	https://tcmsp-e.com/	Compostos, ADME e targets de plantas da medicina tradicional chinesa.	Pesquisar ativos de ervas chinesas e seus targets.
ToxCast	https://comptox.epa.gov/dashboard	Painel toxicológico in vitro/in silico de milhares de químicos (EPA).	Ver resultados toxicológicos para agrotóxico.
ToxinPred	https://webs.iiitd.edu.in/raghava/toxinpred/multi_submit.php	Predição de toxicidade de peptídeos.	Identificar peptídeos menos tóxicos no design de terapias.
ToxTree	https://apps.ideaconsult.net/data/ui/toxtree	Preditor de potencial toxicológico via estrutura.	Analisar alertas toxicológicos em nova molécula.
UCSC Genome Browser Home	https://genome.ucsc.edu/	Visualização avançada de genomas, variabilidade e anotação.	Explorar genes/polimorfismos associados a doenças.
Uniprot	https://www.uniprot.org/	Banco universal de sequências e anotações de proteínas.	Buscar domínio funcional de proteína alvo.
Venny	https://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/	Diagrama de Venn interativo para listas de genes, compostos etc.	Comparar genes diferencialmente expressos em condições experimentais.
Virus Pathogen Research	https://www.viprbrc.org/brc/home.spg?decorator=vipr	Dados e ferramentas para pesquisa de patógenos virais.	Analise genomas de vírus emergentes.
Way2Drug	http://www.way2drug.com/PassOnline/index.php	Predição de múltiplas atividades biológicas (QSAR).	Prever atividades e efeitos colaterais de composto novo.
WebGestalt	http://www.webgestalt.org/	Análise de enriquecimento funcional para listas gênicas.	Interpretar dados de RNA-Seq por enriquecimento GO/KEGG.