La Rectoría de UNIPAMPA agrega las siguientes unidades:
Rectorado (GR), que se encarga de asesorar directamente al rector y vicerrector, promulgar sus decisiones y atender las demandas de las unidades académicas y administrativas, de los órganos externos y del público en general.
Asesoría de Comunicación Social (ACS), responsable de la difusión del conocimiento y la socialización de las prácticas institucionales, así como de la interacción entre disciplinas, áreas de conocimiento, campos de conocimiento y entre los campus y los diferentes órganos de la institución.
Fichero y Protocolo General (APG), responsable de recibir, registrar, controlar el procesamiento y despacho de documentos, con miras a proporcionar información a los usuarios internos y externos y responsable de la generación y formalización de los procesos administrativos de la institución.
Auditoría Interna (AUDIN), actividad gubernamental independiente que tiene como objetivo la evaluación y consultoría, diseñada para agregar valor y proponer mejoras en las acciones desarrolladas por la Institución.
Asesoría en Diversidad, Acción Afirmativa e Inclusión (ADAFI), que promueve acciones transversales de equidad con los órganos de la administración superior, comisiones, órganos complementarios, prorrectorías y unidades universitarias.
Dirección de Tecnologías de la Información y la Comunicación (DTIC), que tiene como objetivo crear y mantener las condiciones para el funcionamiento sistémico de las actividades relacionadas con las tecnologías de la información y la comunicación, con el fin de apoyar el desarrollo de la enseñanza, la investigación, la extensión, la gestión y los servicios a la comunidad académica.
Dirección de Asuntos Institucionales e Internacionales (DAIINTER), que tiene la responsabilidad institucional de promover las políticas de internacionalización, la movilidad entrante y saliente, los acuerdos internacionales, los idiomas y las relaciones institucionales.
Oidoría (OUV), responsable del envío de solicitudes, quejas, elogios, sugerencias y quejas de los ciudadanos.
Procuraduría Federal (PF), que representa judicialmente a la institución, desempeñando sus funciones con base en la legislación y principios rectores del Derecho Público, actuando exclusivamente en el ámbito consultivo, en la búsqueda, de manera incisiva, de la aplicación y ejercicio del Derecho y la Justicia Administrativa.
Hospital Universitario Veterinario (HUVET), unidad médico-veterinaria hospitalaria dedicada al desarrollo de actividades docentes, de investigación, extensión y servicio a toda la comunidad académica y externa.
División de Laboratorios (DILAB), que tiene como objetivo coordinar, supervisar y orientar la gestión de los laboratorios de los campus, donde se desarrollan actividades de docencia, investigación, extensión o prestación de servicios.
También vinculadas a la Rectoría están las Pro-Rectorías y las 10 (diez) unidades académicas o Campus: Alegrete, Bagé, Caçapava do Sul, Dom Pedrito, Itaqui, Jaguarão, Santana do Livramento, São Borja, São Gabriel y Uruguaiana.