O Programa de Pós-graduação em Engenharia Elétrica (PPGEE/UNIPAMPA), situado no Campus Alegrete, é um Mestrado Acadêmico com foco em temas de interesse em pesquisa e inovação que permite ao aluno o contato direto com o setor produtivo nas áreas de microeletrônica, telecomunicações, redes de computadores, processamento de sinais, desenvolvimento de software, eletrônica de potência, sistemas de controle, energias renováveis e sistemas elétricos de potência, permitindo a aplicação de conceitos e técnicas para a solução de problemas de abrangência tanto regional quanto nacional e mundial.
O PPGEE possui quatro linhas de pesquisa: (1) Circuitos de Comunicação, (2) Otimização de Sistemas, (3)Eletrônica de Potência e Controle e (4)Sistemas Elétricos de Potência.