O Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências (PPGEC/UNIPAMPA), situado no Campus Bagé, tem como objetivo geral a melhoria da qualificação profissional de professores que atuam preferencialmente na Educação Básica, nas áreas de Física, de Química e de Ciências da Natureza, em um trabalho conjunto entre docentes da UNIPAMPA e professores das escolas onde estes se inserem.
O PPGEC possui duas linhas de pesquisa: (1) Novas Tecnologias no Ensino de Ciências e (2)Práticas Pedagógicas no Ensino de Ciências.