A Procuradoria Educacional Institucional (PEI) exerce a função de elo entre a universidade e o Ministério da Educação (MEC). Esse setor é responsável por administrar as informações oficiais da Universidade Federal do Pampa no sistema e-MEC, além de acompanhar os trâmites regulatórios relacionados à autorização, reconhecimento e renovação de reconhecimento dos cursos ofertados pela instituição. Também coordena e monitora as ações ligadas ao Exame Nacional de Desempenho dos Estudantes (Enade) e organiza a coleta de dados para o Censo da Educação Superior, assegurando que a universidade cumpra as exigências legais da educação superior no país.
As atribuições da Procuradoria Educacional Institucional foram estabelecidas pela Portaria Normativa nº 40/2007 e posteriormente atualizadas pela Portaria Normativa nº 23/2010, ambas emitidas pelo Ministério da Educação (MEC).