A Divisão de Arquivo e Protocolo Geral está vinculada diretamente à Reitoria, conforme Organograma Institucional 2016.  Esta Divisão tem como atribuições:

• Envio e Recebimento de Correspondências Externas e Internas;
• Envio e Recebimento de malotes entre Campi e Reitoria.

Os processos da UNIPAMPA começaram a ser registrados e tramitados no Sistema de Gestão Unificada de Recursos Institucionais – GURI em outubro de 2012. Inicialmente sendo autuados/abertos nos setores de Arquivo e Protocolo Geral, Gabinete e Pró-Reitoria de Gestão de Pessoas (PROGEPE).  No ano de 2014 a Pró-Reitoria de Pós-Graduação, Pesquisa e Inovação (PROPPI) também a passou a ter perfil para autuação e formalização de processos.

Até o final de dezembro de 2018, 4 Campi realizavam a autuação de processos (abertura), sendo eles: Alegrete,  Jaguarão, Santana do Livramento e São Gabriel.