O Conselho Universitário (CONSUNI) é o órgão máximo da Administração Superior da UNIPAMPA com competências doutrinárias, normativas, deliberativas e consultivas sobre a política geral da Universidade. São competências do CONSUNI: (art. 19 do Estatuto; art. 15 do Regimento Geral)
I. estabelecer as políticas gerais da Universidade e supervisionar sua execução, em consonância com o disposto no Estatuto e neste Regimento Geral;
II. aprovar o Plano de Desenvolvimento Institucional, o Projeto Pedagógico Institucional e as diretrizes de planejamento e orçamento plurianual;
III. deliberar sobre a criação, modificação e extinção de órgãos universitários;
IV. fixar normas gerais a que se devam submeter as unidades universitárias e demais órgãos;
V. avaliar o desempenho dos órgãos e serviços da Universidade;
VI. deliberar sobre a variação patrimonial: aquisição, construção, alienação de bens imóveis, bem como doações e legados;
VII. deliberar sobre política patrimonial e urbanística da Universidade;
VIII. modificar o Estatuto e este Regimento Geral, com a aprovação de pelo menos 2/3 (dois terços) de seus membros, convocados especialmente para este fim;
IX. elaborar, modificar e aprovar o seu próprio Regimento Interno;
X. aprovar os regimentos da Reitoria, de cada um dos Campus e dos demais órgãos, bem como as modificações propostas;
XI. julgar os recursos interpostos das decisões do Reitor;
XII. aprovar a concessão de títulos e dignidades universitárias;
XIII. deliberar sobre convênios e contratos;
XIV. aprovar as diretrizes relativas à retribuição de serviços cobrados pela Universidade;
XV. aprovar a organização administrativa;
XVI. aprovar o quadro de pessoal docente e técnico-administrativo em educação, bem como suas políticas de seleção, qualificação, avaliação e mobilidade;
XVII. aprovar a criação ou extinção de cursos de graduação e de pós-graduação, bem como a alteração do número total de vagas da Universidade nos cursos de graduação, ouvidas as Comissões Superiores, as Unidades e demais setores envolvidos;
XVIII. promover, na forma da Lei, com a presença de pelo menos 2/3 (dois terços) dos conselheiros, o processo de escolha do Reitor e do Vice-Reitor, que incluirá consulta à comunidade universitária;
XIX. propor a destituição do Reitor ou Vice-Reitor, na forma da Lei, com aprovação de pelo menos 2/3 (dois terços) dos conselheiros, em sessão especialmente convocada para este fim;
XX. atuar como instância recursal máxima no âmbito da Universidade, bem como convocar o exame e a deliberação sobre qualquer matéria de interesse institucional;
XXI. decidir sobre matéria omissa no Estatuto e nos diversos regimentos;
XXII. avaliar representações de outros órgãos colegiados da UNIPAMPA quando lhe couber a competência;
XXIII. analisar vetos do Reitor;
XXIV. aprovar, por maioria simples, a indicação de servidores externos ao quadro de servidores ativos da Universidade para provimento das funções da Reitoria;
XXV. avaliar e aprovar o afastamento do Reitor e do Vice-Reitor quando este exceder 30 (trinta) dias;
XXVI. analisar e dar parecer sobre a execução orçamentária, findo o ano de exercício orçamentário;
XXVII. aprovar o desligamento de discentes submetidos a sanções oriundas de atos graves contra o patrimônio científico cultural e material da Universidade ou por agressões físicas ou verbais a servidores;
XXVIII. homologar os resultados dos processos eleitorais realizados no âmbito da UNIPAMPA;
XXIX. convocar eleições para definição do substituto do Reitor.