Vinculam-se à Reitoria as Pró-Reitorias:
Pró-Reitoria de Graduação (PROGRAD), responsável por acompanhar a vida acadêmica dos discentes, desde o ingresso, através dos processos seletivos, passando pelo registro acadêmico, até a diplomação de grau. Conta com a Coordenadoria de Planejamento, Desenvolvimento, Avaliação e Acreditação (CPDAA) e a Coordenadoria de Processos Acadêmicos (CPAcad).
Pró-Reitoria de Pesquisa, Pós-Graduação e Inovação (PROPPI), que objetiva incentivar, assessorar e organizar as atividades de pesquisa, pós-graduação e inovação, buscando a inserção institucional no cenário nacional e internacional. Agrega o Núcleo de Inovação Tecnológica (NIT) e a Agência de Inovação e Empreendedorismo do Pampa (AGIPAMPA).
Pró-Reitoria de Extensão e Cultura (PROEXT), responsável pelos projetos e ações de extensão na universidade, buscando efetivar o conhecimento acadêmico em prol da realidade em que atua, fortalecendo e dialogando com a comunidade.
Pró-Reitoria de Assuntos Estudantis e Comunitários (PRAEC), que tem por finalidade desenvolver programas, benefícios e ações voltadas à assistência estudantil e ao acesso aos direitos de cidadania.
Pró-Reitoria de Gestão de Pessoas (PROGEPE), que trata das questões que envolvem a vida funcional do servidor, como controle e registro de férias, operacionalização da folha de pagamento, controle de frequência, progressão no plano de carreira, incentivo à qualificação e processos de afastamento, bem como a área da saúde e segurança do trabalho, com a atenção ao bem-estar físico, social e mental dos servidores, o ingresso na instituição, através de concursos públicos ou processos seletivos simplificados, avaliação do estágio probatório, desempenho e capacitação.
Pró-Reitoria de Administração (PROAD), responsável pelas compras e contratações públicas, contabilidade e finanças, terceirização, materiais e logística pública.
Pró-Reitoria de Planejamento e Infraestrutura (PROPLAN), que desenvolve ações referentes ao orçamento e infraestrutura institucional, construindo as políticas para emprego dos recursos orçamentários em custeio e capital, aperfeiçoando e monitorando processos internos, visando à otimização dos recursos públicos.
