A Reitoria da UNIPAMPA agrega as seguintes unidades:
Gabinete da Reitoria (GR), a quem compete o assessoramento direto ao reitor e vice-reitor, promulgando suas decisões, e no atendimento às demandas das unidades acadêmicas e administrativas, dos órgãos externos e ao público em geral.
Assessoria de Comunicação Social (ACS), responsável pela difusão do conhecimento e a socialização das práticas institucionais, bem como a interação entre disciplinas, áreas de conhecimento, campos do saber e entre os campus e os diferentes órgãos da instituição.
Arquivo e Protocolo Geral (APG), responsável pelo recebimento, registro, controle da tramitação e expedição de documentos, com vistas ao fornecimento de informações aos usuários internos e externos e responsável pela geração e formalização dos processos administrativos da instituição.
Auditoria Interna (AUDIN) governamental, atividade independente e que objetiva de avaliação e de consultoria, desenhada para agregar valor e propor melhorias nas ações desenvolvidas pela Instituição.
Assessoria de Diversidade, Ações Afirmativas e Inclusão (ADAFI), que promove as ações transversais de equidade junto aos órgãos da administração superior, comissões, órgãos complementares e suplementares, pró-reitorias e unidades universitárias.
Diretoria de Tecnologia da Informação e Comunicação (DTIC), que tem por objetivo criar e manter condições para o funcionamento sistêmico das atividades ligadas à tecnologia da informação e comunicação, a fim de dar suporte ao desenvolvimento do ensino, pesquisa, extensão, gestão e serviços à comunidade acadêmica.
Diretoria de Assuntos Institucionais e Internacionais (DAIINTER), que tem a responsabilidade institucional por promover as políticas de internacionalização, de mobilidade incoming e outgoing, de acordos internacionais, de idiomas e de relações institucionais.
Ouvidoria (OUV), responsável por encaminhar solicitações, reclamações, elogios, sugestões e denúncias dos cidadãos.
Procuradoria Federal (PF), que representa judicialmente a instituição, desempenhando suas funções pautada na legislação e princípios norteadores do Direito Público, atuando exclusivamente na esfera consultiva, na busca, de forma incisiva, da aplicação e exercício do Direito e da Justiça Administrativa.
Hospital Universitário Veterinário (HUVET), unidade de assistência médico-veterinária hospitalar dedicada ao desenvolvimento de atividades de ensino, pesquisa, extensão e prestação de serviços à toda comunidade acadêmica e externa.
Divisão de Laboratórios (DILAB), que tem como objetivo coordenar, supervisionar e orientar a gestão dos laboratórios dos campi, onde se desenvolvem as atividades de ensino, pesquisa, extensão ou prestação de serviços.
Igualmente vinculadas à Reitoria estão as Pró-Reitorias e as 10 (dez) unidades acadêmicas ou Campus: Alegrete, Bagé, Caçapava do Sul, Dom Pedrito, Itaqui, Jaguarão, Santana do Livramento, São Borja, São Gabriel e Uruguaiana.
