A UNIPAMPA é estruturada por um conselho superior, um conselho curador, três comissões superiores e oito comissões específicas.
O Conselho Universitário (CONSUNI) é o órgão máximo, com atribuições doutrinárias, normativas, deliberativas e consultivas sobre a política geral da Universidade. Com representantes da administração e das categorias componentes da comunidade universitária e da comunidade externa, essa instância aprecia e propõe iniciativas da normatização e do funcionamento da instituição.
O Conselho Curador (CONCUR) é o órgão superior de controle e fiscalização da gestão econômico-financeira da universidade, observada a legislação vigente. Neste sentido, trabalha com a aferição de todos os processos que envolvam movimentação de patrimônio e de recursos financeiros e a fiscalização orçamentária, sendo vital para diversos trâmites da vida institucional.
As Comissões Superiores são órgãos consultivos, normativos e deliberativos, nas áreas específicas de suas respectivas competências, incumbindo-se da articulação das atividades finalísticas acadêmicas: Comissão Superior de Ensino; Comissão Superior de Pesquisa; e Comissão Superior de Extensão.
As comissões específicas são as seguintes: Comissão Gestora da Jornada Flexibilizada (CGJF); Comissão Interna de Supervisão (CIS) do Plano de Carreira dos Cargos Técnico-Administrativos em Educação (PCCTAE); Comissão de Ética (COE); Comissão Própria de Avaliação (CPA); Comissão Permanente de Sindicâncias e Processos Administrativos Disciplinares (COPSPAD); Comissão Permanente de Avaliação de Documentos Sigilosos (CPADS) e Comissão Permanente de Pessoal Docente (CPPD).
